在有违章的情况下，是不能办理进京证的。根据相关规定，以下车辆是不能办理进京证的：

1. 黄标车（未达国Ⅰ标准的汽油车、未达国Ⅲ标准的柴油车）。
2. 未达国Ⅳ标准的柴油载货汽车。
3. 在北京市有不符合相关排放标准记录且未复检合格的车辆。
4. 在北京市有交通违法未处理的车辆。

因此，如果您的车辆存在违章未处理的情况，需要先处理完违章后才能申请办理进京证。希望这个解答对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。