在合同专用条款和协议书约定不一致的情况下，一般应以专用条款为准。但这一处理原则并非绝对，还需根据合同的具体情况进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
专用条款的优先性：
- 专用条款是合同双方根据具体项目或交易的实际需求，对通用条款或协议书进行具体化、补充或修改的条款。由于它更能体现双方的特殊需求和真实意思表示，因此在与协议书或其他条款存在不一致时，通常具有优先效力。
合同中的冲突解决约定：
- 如果合同中明确规定了专用条款与协议书冲突时的处理方式，如明确约定专用条款优先，则应严格遵循该约定。
- 若合同中没有相关约定，则依据专用条款的优先性原则进行处理。
合同的整体解释原则：
- 在解释合同条款时，应综合考虑合同的所有相关条款，包括上下文、合同目的、交易习惯等因素，以确保合同解释的合理性和公正性。
- 遵循诚信原则，确保合同解释符合双方的合理预期和公平原则，避免显失公平或违背双方真实意图的解释。
特殊情况与例外：
- 对于特定合同类型，如建设工程施工合同，可能包含多个部分并约定了优先解释顺序。此时，应严格按照合同约定的顺序来解释和执行。
- 专用条款的约定不能违反法律法规的强制性规定。如存在违反情况，该约定可能无效，需依据法律法规或通用条款（在专用条款无效的情况下）来处理。
实际履行与交易目的：
- 在实际应用中，还需结合双方的实际履行情况和交易目的进行综合判断。如果专用条款的适用会导致显失公平或严重违背双方的真实意图，可能需要重新审视并调整解释方式，以确保合同解释的合理性和公正性。
综上所述，在处理合同专用条款和协议书约定不一致的问题时，应首先查看合同中是否有明确的冲突解决约定。若无明确约定，则一般应遵循专用条款的优先性原则。然而，这一原则并非一成不变，还需综合考虑合同的整体解释原则、特殊约定以及法律法规的强制性规定。如果在实际操作中遇到复杂情况或无法确定如何处理，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。