运输发票的税率确实存在6个点和9个点的情况，这主要取决于纳税人的类型以及所提供的服务类型。以下是对这一问题的详细解答：
一、一般纳税人
对于一般纳税人而言，提供的交通运输服务税率通常如下：
货物运输服务：税率为9%。这包括公路、水路、航空及管道等货物运输服务。例如，如果某运输公司作为一般纳税人提供了一次公路货物运输服务，并收取了含税运费109万元，那么其销项税额将是9万元，此时应开具9%税率的运输发票。
物流辅助服务：税率为6%。这包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、货物运输代理服务、代理报关服务、仓储服务和装卸搬运服务等。
二、小规模纳税人
对于小规模纳税人，其提供的交通运输服务通常按3%的征收率征税，但根据当前政策（截至2027年12月31日），实际征收率减按1%执行。需要注意的是，小规模纳税人不能自行开具货物运输增值税专用发票，需到税务局代开。
三、注意事项
准确区分业务类型：纳税人在开具运输发票时，应严格区分不同业务类型，如货物运输服务和物流辅助服务，以确保按正确的税率申报纳税。
关注政策更新：由于税率可能随国家政策调整而变化，纳税人应及时关注相关税收政策的更新，以确保正确适用税率。
综上所述，运输发票的税率确实存在6个点和9个点的情况，并且这取决于多种因素。因此，在实际操作中，公司或个人应密切关注税收政策变化，并根据自身具体情况确定应缴纳的税率和开具的发票类型。