当车辆发生违章行为，但违章驾驶人不是车主本人时，处理方式主要根据违章记录是否已备案到驾驶人名下而定。以下是详细的处理流程和建议：

一、已备案非本人机动车的情况

如果驾驶人已经在“交管12123”APP上成功备案了非本人机动车，那么可以直接通过该APP处理违章行为并缴纳罚款。处理步骤如下：

1. 登录“交管12123”APP，进入“违法处理”模块。
2. 查询并选择需要处理的违章记录。
3. 确认违章信息无误后，按照提示进行罚款缴纳。
4. 缴纳成功后，相应的记分将记入到驾驶人的驾驶证中。

二、未备案非本人机动车的情况

如果驾驶人尚未备案非本人机动车，则需要先完成备案才能进行违章处理。备案方式如下：

1. 通过“交管12123”APP进行备案：驾驶人可以登录APP，选择“备案非本人机动车”功能，按照提示填写相关信息并提交备案申请。备案成功后，即可按照已备案的情况处理违章。

2. 直接到公安交管部门业务窗口备案：驾驶人可以携带本人身份证、驾驶证以及需要备案的机动车行驶证原件，前往就近的公安交管部门业务窗口进行备案。备案成功后，同样可以按照已备案的情况处理违章。

三、注意事项

1. 处理时限：非现场违法（如由监控设备记录的违章）需要在车辆年检前处理完毕，否则可能会影响车辆年检。现场违法（如交警现场开具的罚单）则需要在15日内缴纳罚款，否则会产生滞纳金。

2. 滞纳金问题：对于现场违法，如果到期不缴纳罚款，每日将按罚款金额的百分之三加处罚款，但加处罚款总额不超过罚款数额。因此，建议驾驶人及时处理违章并缴纳罚款。

3. 异议处理：如果驾驶人对违章认定有异议，可以通过“交管12123”APP的“交通违法消除申请”功能提出申诉，或者携带相关证件前往违法行为发生地的交通支、大队执法站提出申诉。

综上所述，处理非车主本人的车辆违章行为时，需要先确认是否已备案非本人机动车。已备案的可以直接通过“交管12123”APP处理；未备案的则需要先完成备案手续。在处理过程中，需要注意处理时限和滞纳金问题，并对异议情况及时提出申诉。