软件弹窗广告主要由网信部门、电信主管部门、市场监管部门等部门联合管理。

根据《互联网弹窗信息推送服务管理规定》，网信部门会同电信主管部门、市场监管部门等有关部门建立健全协作监管等工作机制，监督指导互联网弹窗信息推送服务提供者依法依规提供服务。互联网弹窗信息推送服务提供者违反该规定的，由这些部门在职责范围内依照相关法律法规规定处理。

因此，如果你遇到软件弹窗广告的问题，可以向这些部门投诉或举报，他们会依法进行处理。同时，也建议你在使用软件时，注意查看相关设置，关闭不必要的弹窗广告，以保护自己的合法权益。