如果您发现自己在不知情的情况下被他人注册了营业执照，想要注销该公司，您可以按照以下步骤操作，并通过相关法律法规确保您的权益得到维护。
一、明确情况并收集证据
首先，您需要明确自己确实被他人冒用了身份注册了公司，并收集相关证据。这包括但不限于：
- 身份证丢失挂失记录或身份证被冒用证明（可前往公安机关查询并获取）。
- 如果可能，收集他人伪造签名的相关证据，必要时可申请笔迹鉴定。
二、申请撤销公司登记
向工商行政管理部门投诉：
- 携带收集到的证据，前往当地市场监督管理局（或原工商局），提交书面投诉材料，详细说明被冒用身份注册公司的情况。
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关行政法规，市场监督管理部门将对此进行调查核实，若情况属实，将可能作出撤销公司登记的决定。
报警处理：
- 同时，您也应向当地公安机关报案，因为身份被冒用注册公司可能涉及刑事犯罪。
- 公安机关将展开侦查，追究相关责任人的刑事责任，同时侦查结果也可为工商部门撤销公司登记提供有力证据。
三、启动注销程序（在公司登记被撤销或确认注册违法后）
成立清算组：
- 清算组负责清理公司财产、了结公司业务等。
- 在解散事由出现之日起规定时间内（如15日内）成立清算组，并向工商局备案清算组负责人及成员信息。
通知债权人并公告：
- 在公开发行的报纸上刊登注销公告，通知债权人申报债权。
- 公告期通常为45日（或根据当地具体规定确定）。
办理税务注销：
- 前往公司所在地的税务机关，办理税务注销手续。
- 提交公司近年的财务报表、纳税申报表等资料，结清应纳税款、滞纳金、罚款等。
- 税务机关审核通过后，会出具清税证明。
办理工商注销：
- 携带税务部门出具的清税证明、清算报告、营业执照正副本等材料，前往工商行政管理部门办理工商注销登记。
- 经审核无误后，工商部门将收回营业执照，公司正式注销。
银行账户与印章注销：
- 携带工商注销证明、开户许可证等相关文件，到公司开户银行办理银行账户注销手续。
- 到公安机关指定的印章刻制点，注销公司所有印章。
四、注意事项
- 在整个过程中，请确保所有手续齐全、合规，以免产生后续法律问题。
- 不同地区和行业可能在具体流程和要求上有所差异，请务必根据当地的具体规定进行操作。
- 如果公司是简易注销的适用对象（如未开业、无债权债务的有限责任公司等），则注销流程可能相对简化，但仍需遵循相关法律法规的规定。
通过以上步骤，您可以在被他人冒用身份注册公司的情况下，依法维护自身权益，并顺利完成公司的注销手续。如果在此过程中遇到任何困难或疑问，建议咨询专业的法律或财务顾问以获取更具体的帮助。