附加税申报公司确实有权进行查询。以下是对此结论的详细解释：
法律依据：根据税收相关法律法规，税务机关有权对纳税人的申报情况进行监督和检查，这自然包括了附加税的申报。公司作为纳税人，其申报的附加税信息属于税务机关的监管范围。
查询权限：税务机关在履行其监管职责时，有权查阅、复制与税收有关的资料，包括但不限于账簿、记账凭证、报表等。这些资料中往往包含了附加税的申报信息。因此，从这个角度看，附加税申报公司也是能被查询的。
查询目的：税务机关进行查询的目的主要是为了确保税收的准确性和合规性。通过查询附加税申报公司，税务机关可以核实公司是否按照法律规定正确申报了附加税，是否存在逃税、漏税等违法行为。
公司义务：作为纳税人，公司有义务配合税务机关的查询工作，提供必要的资料和协助。如果公司拒绝配合或提供虚假信息，将可能面临法律制裁。
综上所述，附加税申报公司确实能被查询，这是税收法律法规赋予税务机关的权力，也是确保税收准确性和合规性的必要手段。如果公司在附加税申报方面存在任何问题或疑虑，建议及时咨询专业税务机构或律师，以确保合规申报。