非法占用房屋是一种明确的侵权行为，严重侵犯了房主的财产权益。针对此类情况，房主或合法占有人可以采取以下合法且有效的措施来维护自身权益：

一、初步措施：协商解决

首先，建议房主或合法占有人尝试与非法占用人进行直接沟通，明确指出其行为的非法性，并要求其在合理期限内主动搬离。在此过程中，可以邀请双方都信任的第三方（如居委会、物业等）参与调解，他们的介入有助于缓和双方情绪，提出中肯的建议，促成双方达成一致的解决方案。

二、申请基层组织调解

若协商无果，房主或合法占有人可以向居民委员会、村民委员会或人民调解委员会等基层组织申请调解。这些组织具备专业的调解能力和丰富的经验，能够根据实际情况提出合理的解决方案。一旦调解成功，双方应签订书面协议，并自觉履行协议内容。

三、报警处理

如果基层组织调解仍然无法解决问题，房主或合法占有人有权向公安机关报案。非法占用房屋行为扰乱了正常的社会秩序，警方将依法进行调查，并根据情节轻重对非法占用人进行批评教育、责令限期搬离或立案侦查等处理。

四、提起民事诉讼

若上述方式均无法奏效，房主或合法占有人可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，原告需提供充分的证据来证明自己对房屋的合法权利以及被告的非法占用事实。这些证据可能包括房屋产权证书、购房合同、租赁合同、房屋被占用的照片或视频、证人证言等。法院将根据双方提交的证据和庭审情况进行审理，并作出公正判决。若原告胜诉而被告未在规定期限内履行判决，原告可申请强制执行，由法院强制占用人腾退房屋。

五、刑事责任追究

在特定情况下，如果非法占用人的行为构成犯罪（如以暴力、威胁等手段非法占用），房主可以向检察机关提出控告，请求追究其刑事责任。这一步骤需根据具体的法律规定和案件情况来判断，确保控告的合法性和有效性。

综上所述，面对非法占用房屋的问题，房主或合法占有人应保持冷静并采取合适的措施来维护自身权益。在处理过程中，务必遵守法律法规，尊重他人的合法权益，同时积极收集证据以支持自己的主张。通过协商、调解、报警及诉讼等多种手段的综合运用，可以有效解决非法占用房屋的问题并维护社会秩序的稳定。