当您的房产证因贷款被抵押在银行，而您需要该房产证为孩子申请学位时，您可以按照以下步骤操作：

首先，您需要前往银行，请求银行为您提供一份加盖公章的房产证复印件。这份复印件将作为您房产证明的主要材料。

其次，您还需要前往当地的国土部门，申请出具一份不动产信息查询结果表。这份表格将证明您是该房产的合法产权人，并且产权份额满足学位申请的要求（通常是产权人必须是父亲或母亲或父母共有且产权份额≥51%）。

在收集到上述两份材料后，您就可以将它们作为住房材料提交给学校，用于孩子的学位申请。请确保提交的材料真实有效，并且符合当地教育部门的要求。

另外，如果您无法提供房产证复印件或不动产信息查询结果表，您还可以根据当地教育部门的具体规定，提供其他相关材料作为替代证明。例如，已购房但房产证尚未办理的，您可以提供购房合同原件和已缴纳的首期款发票或银行按揭还款对账单等。

总的来说，尽管您的房产证因贷款被抵押在银行，但您仍然可以通过提供银行加盖公章的房产证复印件和国土部门出具的不动产信息查询结果表来为孩子申请学位。请务必提前了解当地教育部门的具体要求，并准备好相关材料。