水污染物环境保护税的计算主要依据《中华人民共和国环境保护税法》及其相关附表进行。以下是详细的计算步骤和说明：

一、确定应税污染物

首先，需要对照《环境保护税法》附表二《应税污染物和当量值表》，确定企业排放的水污染物哪些属于应税水污染物。这通常包括诸如总砷、总铅、总镍、总铬、六价铬、总氰化物、硫化物、氨氮、氟化物等一类和二类水污染物。

二、计算污染当量数

污染当量数是计算环境保护税的关键。它根据污染物的排放量、浓度值以及污染当量值来计算。具体公式为：

污染当量数 = 排放量 ÷ 污染当量值（查表） = 某月排放总量 × 浓度值 ÷ 污染当量值（查表）

1. 排放量：通常指企业某月排放的污水总量，单位可能是吨或立方米。
2. 浓度值：指污水中污染物的浓度，单位通常是毫克/升（mg/L）。
3. 污染当量值：这是《应税污染物和当量值表》中规定的，不同污染物有不同的当量值。

三、确定应纳税额

在计算出各类污染物的污染当量数后，需要根据税法规定对它们进行排序和取舍。对于一类水污染物，取污染当量数从大到小的前五项；对于二类水污染物，取前三项。然后，将这些污染当量数相加，得到总的污染当量数。

应纳税额 = 污染当量数 × 单位税额

其中，单位税额由企业所在地省级人民政府确定，并在一定范围内浮动。此外，如果企业排放的污染物浓度值低于国家和地方规定的污染物排放标准的一定比例（如百分之五十），还可以享受税收减免政策。

四、实例计算

以某制糖企业为例，假设其4月份排放的污水总量为50万吨（折合50万立方米），并已知各类污染物的浓度值和当量值。根据公式，可以计算出各类污染物的污染当量数，然后进行排序和取舍，最后乘以单位税额（假设为3.5元/污染当量）和税收减免比例（假设为50%），即可得到应纳税额。

五、注意事项

1. 准确监测：企业需要安装符合国家规定和监测规范的污染物自动监测设备，或委托有资质的监测机构进行定期监测，以确保数据的准确性和可靠性。
2. 及时申报：企业应按照税法规定的时间和方式向税务机关申报纳税，避免因逾期申报而产生的滞纳金或罚款。
3. 了解政策：企业需要密切关注环保税相关政策的变化和调整，以便及时调整自己的纳税策略。

综上所述，水污染物环境保护税的计算是一个相对复杂的过程，需要企业准确掌握税法规定和相关计算公式，并严格按照要求进行申报和缴纳。