关于物流公司提供的免费上门取件服务如何收费，这通常取决于具体的物流公司和其定价策略。然而，从您提供的参考信息中，我们可以了解到一种通过特定小程序（如“发一件小程序”）进行便宜寄快递的方式，其中包含了上门取件的服务，并且费用相对较低。
一般来说，物流公司的上门取件服务可能会包含在以下几种费用结构中：
基础运费：这是根据货物的重量、体积、运输距离等因素确定的基本费用。在某些情况下，物流公司可能会为了吸引客户而提供基础运费的折扣或优惠。
上门取件费：虽然有些物流公司会宣传“免费上门取件”，但实际上这项服务可能是有条件的，比如需要达到一定的运费金额、使用特定的优惠券或参与特定的活动。在没有这些优惠条件的情况下，上门取件可能会收取一定的额外费用。
附加服务费：如包装费、保险费、加急费等，这些费用是根据客户选择的附加服务来收取的。
对于您提到的“5元便宜寄快递小程序”，它似乎提供了一种较为经济的寄快递方式，其中包含了上门取件服务，并且首单首重费用较低（5元起）。这种方式可能通过整合多家物流公司资源、优化运输流程等方式来降低成本，从而为客户提供更优惠的价格。
为了获得最准确和最新的收费信息，我建议您直接联系您感兴趣的物流公司或访问其官方网站/应用程序。此外，也可以在使用任何寄快递服务之前仔细阅读其服务条款和费用明细，以确保您清楚了解所有相关费用。