灵活就业医保通常不可以在两个城市分开交。一般来说，灵活就业人员应当选择一个城市参加医保，并在这个城市内完成缴费和享受相应的医保待遇。

国家医保局已经明确，取消户籍限制，灵活就业人员可以在常住地、就业地参加基本医疗保险。这意味着，灵活就业人员可以在自己选择的城市参加医保，不再受户籍所在地的限制。然而，这并不意味着可以在多个城市同时参加医保或分开缴费。

如果灵活就业人员在多个城市工作或居住，需要选择一个城市作为自己的医保参保地。在选择时，可以考虑自己的常住地、工作地点以及个人需求等因素。一旦选择了参保地，就应该在该城市内完成医保的缴费和享受相应的待遇。

如果灵活就业人员需要变更医保参保地，可以按照相关规定办理医保关系的转移接续。这通常涉及到原参保地的医保关系注销和新参保地的医保关系建立。在转移接续过程中，需要确保连续参保缴费，以保持医保待遇的不中断。

总的来说，灵活就业医保通常不可以在两个城市分开交。灵活就业人员应该选择一个城市作为自己的医保参保地，并在该城市内完成缴费和享受待遇。如果需要变更参保地，应按照规定办理医保关系的转移接续。