申请法院协商函，通常是在两个或多个法院之间对某一案件的管辖权存在争议，且协商未果的情况下进行的。这一流程相对复杂，主要涉及高级人民法院之间的协商。以下是申请法院协商函的一般步骤和注意事项：

一、明确管辖争议

首先，需要明确存在管辖权争议的具体情况。这通常发生在两个或多个法院对同一案件都认为自己具有管辖权，或者对管辖权的界定存在分歧。

二、准备协商材料

1. 案件基本情况：包括当事人信息、案由、案件事实等。
2. 管辖争议说明：详细阐述为何认为本案存在管辖争议，以及各方法院的主张和依据。
3. 相关法律依据：列出支持本方观点的相关法律法规和司法解释。

三、提交协商申请

1. 确定提交对象：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，管辖争议协商通常发生在高级人民法院之间。因此，需要向相关的高级人民法院提交协商申请。
2. 编写协商函：协商函应包含上述准备的材料，并按照规定的格式编写。协商函中应明确表述管辖争议的事实和理由，以及希望通过协商解决的问题。
3. 提交方式：通常可以通过邮寄、电子邮件等正式方式提交协商函。

四、等待协商结果

1. 协商过程：高级人民法院在收到协商函后，会进行审查，并可能与对方法院进行协商。协商可能通过书面、电话、视频会议等方式进行。
2. 协商结果：协商结果可能包括确定管辖法院、共同上级法院指定管辖等。协商成功后，会制作相应的协商文件或裁定书。

五、后续处理

1. 执行协商结果：根据协商结果，相关法院应执行确定的管辖或指定管辖。
2. 争议解决：如果协商未果，可能需要按照法律规定的程序，报请共同的上级法院指定管辖。

注意事项

1. 时效性：申请法院协商函应在诉讼时效内提出，并确保材料齐全、准确。
2. 自愿原则：协商应基于自愿原则进行，不能强迫任何一方接受不公正的管辖安排。
3. 法律依据：在申请和协商过程中，应充分引用相关法律法规和司法解释作为支持。

综上所述，申请法院协商函是一个涉及法律程序和专业知识的复杂过程。在实际操作中，建议咨询专业律师或法律机构以获取更具体的指导和帮助。