物业公司水费的税率是3%还是9%，这主要取决于物业公司是一般纳税人还是小规模纳税人，以及其选择的计税方法。

对于一般纳税人而言，如果物业公司选择一般计税方法，那么销售水费的增值税税率为9%。此时，销项税额等于销售额乘以税率，物业公司可以抵扣相应的进项税额。这种计税方法适用于具备完善会计核算体系，能够准确提供税务资料的一般纳税人物业公司。

然而，如果一般纳税人选择简易计税方法，或者物业公司是小规模纳税人，那么销售水费的增值税税率为3%。在这种情况下，物业公司应以扣除对外支付的自来水水费后的余额为销售额，按照3%的征收率计算缴纳增值税。这种计税方法不得抵扣进项税额，但物业公司可以全额开具增值税专用发票。这种计税方法适用于会计核算不健全，或者不能准确提供税务资料的一般纳税人，以及所有小规模纳税人物业公司。

需要注意的是，具体的税率和计税方法可能会受到地区性政策、法规调整的影响。因此，物业公司在实际操作中应咨询当地的税务部门或专业税务顾问，以确保准确理解和遵守相关税法规定。

综上所述，物业公司水费的税率并非固定为3%或9%，而是根据其纳税身份和选择的计税方法而定。