检察院立案调查后的处理流程主要依据《人民检察院刑事诉讼规则》进行，并会根据案件的具体情况有所不同。以下是详细的解答：
一、检察院直接侦查的案件处理流程
全面、客观地收集证据：
- 检察院对直接侦查的刑事案件立案后，会全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。
依法审查、核实证据：
- 收集到的证据材料会依法进行审查、核实，以确保其真实性、合法性和关联性。
保障诉讼权利：
- 在办案过程中，检察院会保障犯罪嫌疑人和其他诉讼参与人依法享有的辩护权和其他各项诉讼权利。
后续处理：
- 根据审查、核实的结果，检察院会依法作出相应的处理决定，如提起公诉、不起诉等。
二、检察院对公安机关立案审查的控告、申诉处理流程
受理控告、申诉：
- 检察院负责控告申诉检察的部门会受理对公安机关应当立案而不立案或者不应当立案而立案的控告、申诉。
进行审查：
- 根据事实、法律对控告、申诉进行审查，以确定公安机关的立案决定是否正确。
处理决定：
- 经审查后，认为需要公安机关说明不立案或者立案理由的，会及时将案件移送负责捕诉的部门办理。
- 认为公安机关立案或者不立案决定正确的，会制作相关法律文书，答复控告人、申诉人。
三、刑事案件审查立案期限
- 公安机关接受报案、控告、举报、自首的刑事案件的立案审查期限，一般在七日以内决定是否立案，特殊情况下可延长。
- 人民检察院进行立案监督的刑事案件的立案审查期限，接到要求立案的通知后，应当在十五日内决定立案。
综上所述，检察院立案调查后的处理流程是一个严谨、细致的过程，旨在确保案件的公正、合法处理。无论是直接侦查的案件还是对公安机关立案审查的控告、申诉，检察院都会依法进行审查、核实，并作出相应的处理决定。