在申请执行后，法院有权查扣保证人的财产。以下是详细分析：

在执行程序中，如果债务人未能履行生效法律文书确定的义务，债权人可以向法院申请执行。此时，如果债务人有保证人，并且保证人承担了保证责任，那么法院在执行过程中，有权对保证人的财产进行查扣。

具体来说，法院会根据债权人的申请，以及生效法律文书所确定的债权债务关系，对保证人的财产采取一系列执行措施。这些措施包括但不限于：查询保证人的银行账户、查封保证人的财产、扣押保证人的财物等。通过这些措施，法院可以确保债权的实现，维护债权人的合法权益。

需要注意的是，法院在执行过程中，必须严格遵守法律程序，确保执行的合法性和公正性。同时，保证人也有权对执行行为提出异议，维护自己的合法权益。

综上所述，申请执行后，法院有权查扣保证人的财产，以确保债权的实现。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。