《医疗机构管理条例》中的“非法所得”指的是未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的人员或机构在违法活动中获取的包括成本在内的全部收入。下面我将从几个方面对这一概念进行详细解释：

1. 定义与范围：

   • 根据卫生部法监司的解释，“非法所得”特指那些未获得合法执业许可的医疗机构或个人，在违法医疗活动中所获得的全部收入，这包括了成本以及利润。
   • 这一概念明确界定了“非法所得”的来源，即必须是未取得《医疗机构执业许可证》的擅自执业行为所产生的收入。

2. 性质与认定：

   • “非法所得”的性质是违法的，因为它来源于非法的医疗活动。
   • 违法所得的认定只能由国家授权的特定机关通过一定程序进行，如行政执法机关或司法机关。
   • 在有关机关对行为人的行为作出认定之前，违法所得的性质是不能确定的。

3. 处理与后果：

   • “非法所得”是应该予以没收或追缴的，这是法律对违法行为的一种制裁措施。
   • 违法所得的定性问题直接关系到被害人财产权益的维护，也关系到违法行为人合法财产与非法财产之间的正确界定。
   • 对于医疗机构或个人来说，一旦其“非法所得”被认定并处理，将可能面临严重的法律后果，包括但不限于罚款、没收违法所得、吊销执业许可证等。

综上所述，《医疗机构管理条例》中的“非法所得”是一个具有明确法律含义的概念，它指的是未取得合法执业许可的医疗机构或个人在违法医疗活动中所获得的全部收入。这一概念在医疗纠纷处理、医疗市场监管等方面具有重要意义，对于维护医疗秩序、保护患者权益具有积极作用。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。