公司办护照和个人办护照的主要区别体现在以下几个方面：
一、性质与目的
公司办护照（因公护照）：
- 性质：属于公务性质，由公司或单位派出，以执行公务为目的。
- 目的：主要用于执行政治、外交、科学、教育、经贸、文化、体育等公务活动。
个人办护照（因私护照）：
- 性质：属于个人行为，非公务性质。
- 目的：主要用于个人前往国外定居、探亲、学习、就业、旅行、从事商务活动等非公务目的。
二、办理程序
公司办护照：
- 程序：需先向本单位有出国（境）任务审批权的外事主管部门申请，经过审核、批准后方可办理。在外时间、出访国家（地区）、出访路线、公务活动等事项均需严格遵守外事规定。
个人办护照：
- 程序：个人需前往公安机关或有关驻华使领馆办理出国（境）相关手续，相对自由，无需单位审批。在境外，个人可自主决定活动内容，一切经费由个人承担。
三、办理证照机关
公司办护照：
- 办理机关：因公出国（境）证照由外交部、国务院港澳事务办公室、海事局及其授权机构签发。
个人办护照：
- 办理机关：因私出国（境）证照由本人户口所在地公安机关签发。
四、身份与代表
公司办护照：
- 身份：以各党政机关、人民团体或国有企事业单位等公职人员的身份在境外执行公务。
- 代表：在境外的行为代表单位或集体，具有官方性质。
个人办护照：
- 身份：仅代表本人，不涉及单位或集体的官方身份。
- 代表：在境外的行为仅代表个人，与单位或集体无关。
综上所述，公司办护照和个人办护照在性质、目的、办理程序、办理证照机关以及身份与代表等方面均存在显著差异。具体办理时，需根据出国（境）的目的和性质选择相应的护照类型，并遵循相应的办理流程和要求。