农村自建房对层数确实有限制。这些限制主要基于安全、规划以及资源合理利用的考虑，并且具体规定因地区而异。以下是对这一问题的详细解答：

1. 普遍规定：

   • 在多数情况下，农村自建房被限制在3层及以下。这一规定主要是为了确保住房的安全性和农村整体风貌的规划性。
   • 某些地区可能会根据当地实际情况适当调整层数限制，如人口密集或土地资源紧张的地区可能会适当提高，但一般也不会过高，如允许建到4层；而地广人稀的偏远地区可能对层数的限制相对宽松，但超过3层的情况仍不普遍。

2. 特殊规定：

   • 如果农村自建房的层数超过三层（不含三层）、建筑面积超过一定标准或空间跨度超过规定，则可能被视为非低层住宅，需要由专业的施工团队进行设计和施工，并可能需要完成相关部门的验收后才能入住。
   • 对于仍在从事农业和发展庭院经济的农户，层高一般控制在2-3层；而部分已经脱离农业生产的农户，在某些地区可能允许层高控制在4-5层，但这种情况较为特殊，且具体规定因地区而异。

3. 审批手续与法律依据：

   • 农村建房前必须向当地乡镇政府或相关部门咨询并按规定办理审批手续。未经批准擅自建房是违法的，可能面临违建处理或强拆的风险。
   • 各地政府通常通过地方性法规、规章或规范性文件对建房层数进行具体规范。例如，《福建省农村村民住宅建设管理办法》就明确规定了农村独栋式、并联式或联排式自建住宅不得超过三层，每户住宅建筑面积控制在一定范围内。

4. 地区差异与咨询建议：

   • 由于各地在实际执行时可能会根据当地情况进行适当调整，因此在具体建房前，强烈建议咨询当地有关部门以了解当地的实际执行政策和标准。
   • 村民在建房前应详细了解并遵守当地的具体规定，确保建房行为的合法性和安全性。

综上所述，农村自建房对层数确实有限制，并且这些限制因地区而异。村民在建房前务必了解并遵守当地的相关规定，确保建房行为的合法性和安全性。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。