工厂被税务局查后，其后果将依据稽查结果的不同而有所差异。以下是对可能后果的详细分析：

1. 若未发现问题：

   • 工厂可继续正常经营与纳税，不受任何影响。税务稽查局将下达检查结论，确认工厂无税务违法违规行为。

2. 若存在一般税务问题：

   • 工厂需补缴税款与滞纳金。对于少缴的税款，税务部门将要求工厂进行补缴，并加收滞纳金，滞纳金按滞纳税款的一定比例按日加收。
   • 工厂需进行账务调整。根据稽查结果，工厂需要调整会计账目，以确保财务数据的准确性，并避免未来出现类似问题。
   • 可能面临轻微罚款。根据违法情节，税务部门可能对工厂处以一定金额的罚款，以起到警示作用。

3. 若存在严重税务违法行为：

   • 工厂将面临重罚。对于偷税、抗税、骗税等严重税务违法行为，税务部门将依据相关法规对工厂处以高额罚款，最高可达偷逃税款金额的数倍。
   • 可能移送司法机关。若工厂的税务违法行为构成犯罪，如偷税数额较大且占应纳税额一定比例，或骗取国家出口退税达刑事立案标准，税务部门将移送司法机关处理。工厂及相关责任人可能面临有期徒刑、拘役及罚金等刑事处罚。
   • 工厂纳税信用受损。税务违法行为将导致工厂纳税信用等级降低，影响工厂的经营、投融资等多方面。同时，工厂可能被列入失信名单，受到相关部门的联合惩戒。

此外，被税务局查还可能对工厂产生以下影响：

• 纳税信用等级影响：被查处后，工厂的纳税信用等级可能降低，这将对工厂未来的融资、招投标等活动产生不利影响。
• 声誉损失：被税务局查可能损害工厂的声誉，影响商业信誉和客户关系。
• 经营受限：纳税信用等级较低的工厂可能面临发票领用限制、加强出口退税审核等措施，这将影响工厂的正常经营。

因此，工厂在面对税务稽查时，应积极配合稽查工作，如实提供相关资料和说明。若发现问题，应及时整改并补缴税款及罚款，以减轻处罚。同时，工厂应加强内部管理，建立健全内部管理制度，规范财务和税务管理，预防类似问题再次发生。如有需要，工厂可寻求专业法律咨询与辅导，确保合规经营。