关于您提出的“灵活就业医保交够年限还扣款吗”的问题，以下是对此问题的详细解答：

首先，需要明确的是，灵活就业人员的医保缴费情况与缴费年限、退休状态以及当地医保政策紧密相关。

一、缴费年限达到规定后的情况

当灵活就业人员的职工医保缴费年限达到当地规定的年限（如某些地区规定男性为30年，女性为25年，并需在当地实际缴费满一定年限，如10年），并且已经办理了在职转退休手续，那么从办理手续的次月起，个人就不再需要缴纳职工基本医疗保险费。这意味着，如果您的缴费年限已经满足当地规定，并且已经退休，那么您就不需要再继续缴纳医保费用。

二、关于大额医疗保险费

然而，即使医保缴费年限已经满足并退休，某些地区可能仍然需要缴纳大额医疗保险费。这部分费用通常较低，例如每年60元，并且可能通过不同的方式收取，如一档缴费期满的退休人员需要通过税务部门提供的缴费渠道缴纳，而二档缴费期满的人员的大额医保费则可能由医保部门从其个人账户中划扣。

三、特殊情况

需要注意的是，如果灵活就业人员未按规定办理在职转退休手续，或者医保缴费年限未达到当地规定，那么可能无法享受退休人员的医保待遇，此时可能需要继续缴费或者进行补缴。

综上所述，灵活就业医保交够年限后是否还会扣款，主要取决于当地的医保政策以及个人的退休状态。在大多数情况下，如果缴费年限已经满足并退休，那么个人就不需要再继续缴纳职工基本医疗保险费，但可能需要缴纳一定的大额医疗保险费。为了获得最准确的信息，建议您咨询当地的医保部门或者社保机构。