农民工保证金的缴费比例是根据工程施工合同额以及施工总承包单位的历史欠薪情况来确定的。以下是对缴费比例的详细解释：

一、基本存储比例

• 工资保证金一般按工程施工合同额的2%比例存储。但根据新规，这一比例原则上不低于1%，不超过3%。

二、差异化存储规则

1. 施工合同额低于300万元的工程：

   • 若该工程的施工总承包单位在签订施工合同前一年内承建的工程未发生工资拖欠，可免除该工程存储工资保证金。

2. 连续未发生工资拖欠的：

   • 连续2年未发生工资拖欠的，新增工程工资保证金降低存储比例，按工程施工合同额的0.5%存储（或说降低50%）。
   • 连续3年未发生工资拖欠，且按要求落实用工实名制管理和农民工工资专用账户制度的，新增工程可免于存储工资保证金。

3. 同一市地区域内有多个在建工程的：

   • 工资保证金可降低存储比例，一般按工程施工合同额的1%存储。

4. 存在欠薪情况的：

   • 存储工资保证金或提交银行保函前2年内在本市地行政区域内承建的工程发生工资拖欠的，工资保证金存储比例提高50%。
   • 因拖欠农民工工资被纳入“拖欠农民工工资失信联合惩戒对象名单”的，工资保证金存储比例提高100%。

三、其他注意事项

• 工资保证金存储主体是施工总承包单位，其他主体均不需再存储。
• 工资保证金可以用银行类金融机构出具的银行保函替代，有条件地区还可探索引入工程担保公司保函或工程保证保险。
• 当工程完工后，且没有欠薪情况，监管部门将解除账户监管，资金由企业自由支配。

综上所述，农民工保证金的缴费比例并非固定不变，而是根据具体情况进行浮动。这一制度旨在既维护农民工的基本权益，又减轻企业的负担，并鼓励企业守法经营。