当您的车贷已经还完，但发现有逾期费用时，您可以按照以下步骤进行处理：

一、核实逾期费用

首先，您需要核实逾期费用的产生原因及具体金额。这通常可以通过查看贷款合同、还款记录以及与贷款机构的沟通来确认。确保您了解逾期的具体情况，以便有针对性地解决问题。

二、与贷款机构沟通

接下来，建议您主动联系贷款机构，说明逾期的原因，并了解逾期费用的具体计算方式和金额。与贷款机构保持良好的沟通，有助于您更好地理解逾期费用的产生，并寻求合理的解决方案。

三、确认逾期费用是否合理

根据贷款合同及相关法律法规，您需要核实逾期费用的计算是否符合合同约定及法律规定。如果您认为逾期费用存在不合理之处，可以与贷款机构进行协商，或者寻求法律援助来维护自己的权益。

四、尽快还清逾期费用

无论逾期费用的多少，建议您都尽快还清。这不仅可以避免逾期记录对个人征信造成不良影响，还可以帮助您恢复个人信用，避免后续的法律纠纷。您可以通过线上或线下的方式，按照贷款机构的要求进行还款操作。

五、关注个人征信

在还清逾期费用后，建议您关注个人征信报告的变化。确保逾期记录得到及时更新，以免影响您后续申请贷款、信用卡等金融产品的审批通过率。

六、了解逾期后果及影响

最后，您需要了解逾期未还车贷可能产生的严重后果和影响。除了影响个人征信外，还可能产生额外的费用、车辆被收回以及面临法律诉讼等风险。因此，务必重视逾期问题，并尽快采取措施解决。

总之，当您的车贷还完后发现有逾期费用时，应保持冷静，按照上述步骤逐一处理。通过核实费用、与贷款机构沟通、确认费用合理性、尽快还清费用以及关注个人征信等方式，您可以有效地解决逾期问题，并维护自己的合法权益。