灵活就业医保和职工医保的主要区别体现在以下几个方面：
一、缴费主体与基数
缴费主体：职工医保由用人单位和职工共同缴纳基本医疗保险费；而灵活就业医保则完全由个人承担所有医保费用。
缴费基数：职工医保的缴费基数与职工个人上年度工资总额挂钩，同时设有上下限；灵活就业医保的缴费基数则通常为上年度全省全口径城镇单位就业人员平均工资。
二、缴费费率
职工医保：单位缴费费率（含生育）为缴费基数的8.5%，职工个人缴费费率为本人缴费基数的2%。
灵活就业医保：参保人员35周岁以下（含35周岁）的缴费费率为缴费基数的3.4%，35周岁以上的为缴费基数的4.4%。
三、医保待遇
医保个人账户：灵活就业医保在达到法定退休年龄前不建立医保个人账户；达到退休年龄但未达到最低实际缴费年限需继续缴费的，会建立医保个人账户，但划入资金较少；达到医保规定缴费年限办理医保退休的，与单位退休职工一样建立医保个人账户且划入标准相同。而职工医保的个人账户则是由职工个人缴纳的2%全部计入，退休后每月划入标准固定。
生育待遇：以单位参保的女职工生育时，符合规定的可以享受生育津贴。而以灵活就业方式参保的，符合规定时只能享受生育补助金，且计算方式与职工医保不同。
综上所述，灵活就业医保和职工医保在缴费主体、缴费基数、缴费费率以及医保待遇等方面都存在显著差异。这些差异主要体现在个人与单位承担的费用、缴费基数的确定、费率的差异以及最终享受的医保待遇上。因此，在选择医保类型时，个人应根据自己的实际情况和需求进行权衡和选择。