“三证合一”并不直接包含食品经营许可证。

首先，“三证合一”登记制度是指将企业登记时原本需要分别由工商行政管理部门核发的工商营业执照、质量技术监督部门核发的组织机构代码证、税务部门核发的税务登记证，改为一次申请，由工商行政管理部门核发一个加载法人和其他组织统一社会信用代码的营业执照。这是为了深化商事登记制度改革，进一步便利企业注册，推动大众创业、万众创新。

而食品经营许可证是食品经营者在进行食品经营活动前必须取得的证件，它是由食品药品监督管理部门核发的，用于证明食品经营者具备从事食品经营活动的资格和条件。

不过，值得注意的是，在某些地区，如汕头市，为了推进食品经营许可审批制度改革，将原核发的《餐饮服务许可证》、《食品流通许可证》和《保健食品经营企业卫生许可证》三项许可证合并归一，统一改革为新版的《食品经营许可证》。这种改革可以视为食品经营许可领域的“三证合一”，但它与上述的“三证合一”登记制度是不同的概念。

因此，总的来说，“三证合一”并不直接包含食品经营许可证，但某些地区在食品经营许可领域进行了类似的合并改革。