农业农村部规定的土地确权依据主要包括以下几方面：
一、核心法律依据
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法明确规定了农村土地归农民集体所有，并由村集体经济组织或村民委员会依法代表集体行使所有权。这为土地承包经营权的确权提供了基础法律框架。
《中华人民共和国农村土地承包法》：
- 此法直接规范了土地承包经营权的设立、流转与保护。其中，第二十三条明确规定承包合同生效时承包方即取得土地承包经营权，而第二十四条则指出登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证，并登记造册，以确认土地承包经营权。
《不动产登记暂行条例》：
- 该条例要求对包括土地承包经营权在内的不动产进行统一登记，通过发放权属证书来实现物权的公示效力，从而保障交易的安全。
二、配套政策文件
中央一号文件及农业农村部指导意见：
- 历年的中央一号文件都持续推动了农村土地确权工作，如2014年提出要用5年时间基本完成确权登记颁证任务。同时，农业农村部也发布了相关的技术规程和操作指南，以细化确权的具体流程与技术标准。
地方实施细则：
- 各省、自治区、直辖市根据本地的实际情况，也制定了具体的实施办法。这些细则进一步细化了面积测算、纠纷调处等操作规则，以确保确权工作的顺利进行。
三、确权程序要点
权属调查阶段：
- 通过查阅历史档案、实地勘测等方式，核实土地的四至、面积等信息，并重点解决地块重叠、边界争议等问题。
审核公示环节：
- 村集体经济组织需将调查结果进行公示，通常公示期为7天。在异议期内，允许权利人提出申诉，以确保信息的透明和公开。
登记发证程序：
- 经过乡镇政府的初审、县级农业部门的复核后，由不动产登记机构颁发《农村土地承包经营权证》。该证书会载明发包方、承包方、地块信息等核心内容。
四、特殊情形处理
对于确权过程中遇到的一些特殊情形，如二轮承包遗留问题、土地流转确权规则等，也有相应的处理规定。例如，对于未签订书面合同的“事实承包”，可以通过补签协议、村民会议决议等方式来完善手续；而对于已流转土地的经营权归属问题，则以合法的流转合同为依据进行确权。
综上所述，农业农村部规定的土地确权依据是一个涵盖法律、政策、程序等多个层面的综合体系。这些依据共同确保了土地确权工作的合法性、规范性和有效性。