当用人单位与劳动者约定的试用期超过了法定试用期，并且这一违法约定的试用期已经被实际履行时，用人单位需要向劳动者支付赔偿金。以下是关于超过法定试用期的赔偿金如何计算的详细解答：

一、计算依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十三条的规定，用人单位违反本法规定与劳动者约定试用期的，若违法约定的试用期已经履行，则由用人单位以劳动者试用期满月工资为标准，按已经履行的超过法定试用期的期间向劳动者支付赔偿金。

二、计算公式

赔偿金 = 转正后月工资 × 超期月数

其中：

• 转正后月工资：指的是试用期满后的正式工资，包括基本工资、岗位津贴等固定收入，但不包含奖金、提成等非固定收入。
• 超期月数：指实际履行的超出法定试用期的月份数。需要注意的是，不足1个月的部分也按1个月计算。

三、示例说明

1. 案例一

   • 合同期限：2年
   • 法定试用期：≤2个月
   • 实际履行：4个月
   • 转正后月工资：8000元
   • 计算过程：超期月数 = 4 - 2 = 2个月；赔偿金 = 8000 × 2 = 16,000元

2. 案例二

   • 合同期限：3年
   • 法定试用期：≤6个月
   • 实际履行：7个月零15天
   • 转正后月工资：10,000元
   • 计算过程：超期月数 = 向上取整(7.5 - 6) = 2个月；赔偿金 = 10,000 × 2 = 20,000元

四、注意事项

1. 在计算超期时间时，按自然月计算，不足1个月的部分也视为1个月。
2. 工资标准以转正后实际工资为准，且只包含固定收入部分。
3. 若发现用人单位存在超期试用的情况，劳动者可以通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来主张自己的权益，并要求用人单位支付赔偿金及补缴社保公积金等。
4. 在维权过程中，劳动者应保存好劳动合同、工资条、考勤记录等相关材料，以证明实际试用期的时长和工资标准。

综上所述，当用人单位与劳动者约定的试用期超过法定试用期并已经实际履行时，用人单位需要按照上述规定向劳动者支付赔偿金。劳动者在发现自身权益受到侵害时，应及时通过法律途径来维护自己的合法权益。