交通肇事罪检察院不起诉后，机动车驾驶证仍然可能会被吊销。下面我将从法律条文、实践中的分歧以及法律逻辑三个方面进行详细解释。
一、法律条文依据
根据《道路交通安全法》第一百零一条第一款规定：“违反道路交通安全法律、法规的规定，发生重大交通事故，构成犯罪的，依法追究刑事责任，并由公安机关交通管理部门吊销机动车驾驶证。”这里明确指出了“构成犯罪”即应吊销机动车驾驶证，而并未限定必须经过法院判决有罪。
二、实践中的分歧
在实践中，行政执法机关与检察机关在认知上存在分歧。行政执法机关认为，吊销机动车驾驶证的前提条件是对机动车驾驶人作出有罪判决，或查询到机动车驾驶人有罪判决信息，或收到法院证明驾驶人有罪的司法建议等。然而，检察机关则认为，若行为人构成交通肇事罪被不起诉后，既无刑事责任也无行政责任，将造成实质不公。
三、法律逻辑分析
文义解释：从《道路交通安全法》的条文来看，“构成犯罪”与“吊销驾驶证”两种处罚是并列关系，检察机关相对不起诉只是免除刑罚，并不是必须经过法院判决有罪后才可以给予行政处罚。
法律位阶：《道路交通事故处理程序规定》是部门规章，《道路交通事故处理工作规范》是规范性文件，而《道路交通安全法》是经全国人大常委会制定并通过的法律，其法律效力位阶更高。当部门规章、规范性文件与法律有冲突时，应遵循法律优位原则，优先适用《道路交通安全法》。
逻辑判断：相对不起诉的被不起诉人一般具有自首、赔偿谅解等情节，但这并不意味着其不需要承担行政责任。如果因为获得谅解等情节而免于刑事处罚，却也因此免于行政处罚，那么将可能出现经济状况不佳的犯罪嫌疑人面临更重处罚的实质不公平。
综上所述，即使交通肇事罪检察院不起诉，机动车驾驶证仍然可能会被吊销。这是因为吊销驾驶证是基于交通违法行为本身及其后果，而不是基于是否受到刑事处罚。因此，如果发生了重大交通事故并构成犯罪，无论是否被起诉或判决，都可能面临驾驶证被吊销的行政处罚。