公司奖惩制度是否合法，主要取决于该制度的制定程序和内容是否符合法律规定。

1. 制定程序的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四条，用人单位在制定劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这意味着，公司奖惩制度的制定必须经过民主程序，否则该制度将无法律效力。

2. 内容的合法性：

   • 公司奖惩制度的内容不得违反法律、法规的禁止性规定。例如，罚款金额不得超过月工资的20%（依据《工资支付暂行规定》），解除劳动合同需符合《劳动合同法》第三十九条规定的情形等。
   • 制度内容应明确、具体，包括奖励和惩罚的类型、适用情形、执行程序等，以便员工能够清楚地了解自己的行为后果。

3. 公示与告知：

   • 公司应当将奖惩制度采取公示、对员工培训、签订合同时告知员工等方式让员工知晓。这是确保制度对员工具有约束力的必要步骤。

4. 实际案例：

   • 以苏州市新区一家外资企业的案例为例，该公司因未依法经民主程序讨论通过奖惩管理办法，且未有证据表明公司已将该规章制度以一定的方式告知员工，导致该规章制度无法律效力。公司依据该无效的规章制度对员工作出的辞退决定也被依法撤销。

综上所述，公司奖惩制度的合法性取决于其制定程序是否民主、内容是否合法以及是否进行了公示与告知。如果公司在这些方面存在瑕疵，那么该制度将可能被视为无效，无法对员工产生约束力。因此，建议公司在制定奖惩制度时务必遵循法律规定，确保制度的合法性和有效性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。