医保和农村合作医疗在报销比例上存在一定的差异，总体来说，职工医保的报销比例通常要高于农村合作医疗。下面我将为您详细解释：

一、报销比例对比

1. 职工医保：

   • 市内住院报销比例：三级医疗机构88%、二级医疗机构90%、一级及以下医疗机构92%，退休人员相应提高3%。
   • 异地住院报销比例（符合规定转诊的，较本地比例下降10%）：三级医疗机构68%、二级医疗机构70%、一级及以下医疗机构72%，退休人员相应提高3%。
   • 普通门诊不设起付标准，在职职工发生的政策范围内医疗费用，一级及以下医疗机构支付比例为85%，二级医疗机构为70%，三级医疗机构为55%，退休人员支付比例相应提高5%。

2. 农村合作医疗（现归并整合为城乡居民基本医疗保险，以清远市为例）：

   • 市内住院报销比例：三级医疗机构65%、二级医疗机构75%、一级及以下医疗机构90%。
   • 异地住院报销比例（符合规定转诊的，较本地比例下降10%）：三级医疗机构50%、二级医疗机构60%、一级及以下医疗机构70%。
   • 居民医保普通门诊不设起付标准，居民参保人在本人选定的一级及以下普通门诊定点医疗机构发生的政策范围内医疗费用支付比例为55%。

从上述数据可以看出，职工医保在各级医疗机构的报销比例普遍高于农村合作医疗。

二、其他差异

除了报销比例，医保和农村合作医疗在缴费标准、报销范围等方面也存在差异。职工医保的缴费标准相对较高，但报销范围更广，包括门诊和住院费用；而农村合作医疗的缴费标准较低，但报销范围相对有限，主要集中在大病统筹方面。

三、建议

如果您有条件参加职工医保，建议优先选择职工医保，因为其报销比例更高，保障范围更广。如果您只能参加农村合作医疗，那么也请务必按时缴费，以确保在需要时能够得到相应的医疗保障。

综上所述，医保和农村合作医疗在报销比例上存在差异，职工医保的报销比例通常更高。但具体选择哪种医疗保障方式，还需根据您的实际情况和需求来决定。