骑摩托车违章，是否会扣小车C1驾驶证的分，取决于你是否具备驾驶摩托车的资格。下面我分情况详细解释一下：

1. 如果你持有的驾驶证同时包含C1和摩托车准驾车型：

   • 在这种情况下，你的C1驾驶证和摩托车准驾车型是合并在一本驾驶证上的。
   • 无论你驾驶小车还是摩托车违反交通规则，扣分都会记录在这本统一的驾驶证上。
   • 驾驶证的总记分周期和满分分值是统一的，即12个月为一个记分周期，满分为12分。

2. 如果你仅持有C1驾驶证，并未增驾摩托车：

   • 在这种情况下，你并不具备驾驶摩托车的资格。
   • 如果驾驶摩托车被交警查到，将被视为“与准驾车型不符”，这是一种严重的交通违法行为。
   • 你将面临罚款、扣分（通常会扣掉C1驾驶证的9分，依据2022年4月1日新交规实施后的标准）以及摩托车被扣留的处罚。
   • 如果因此发生交通事故，保险公司可能会拒绝理赔，且你可能需承担刑事责任。

综上所述，为了避免不必要的法律风险和损失，我强烈建议你在驾驶任何车辆之前，确保自己的驾驶证具备相应的准驾车型，并严格遵守交通规则。如果你有任何关于交通法律的问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。