针对您提出的“违反道路旅客运输及客运站管理规定三十九条怎么处罚”的问题，首先需要明确的是，具体的处罚措施会依据违反的具体条款和情节轻重而定。由于您未给出具体的第三十九条内容，我将基于一般的道路旅客运输管理规定，结合常见的违规情形及其处罚，为您提供一个大致的解答框架。

在道路旅客运输及客运站管理规定中，通常会涉及多个方面的违规行为及其相应的处罚措施。这些违规行为可能包括但不限于未取得道路客运经营许可擅自经营、客运经营者不按照规定携带相关证件、客运包车不按约定的线路行驶、擅自变更运输车辆或移交旅客、未报告原许可机关擅自终止客运经营、客运经营者强行招揽旅客等。

对于上述违规行为，根据情节轻重，县级以上道路运输管理机构或相关主管部门可能会采取以下一种或多种处罚措施：

1. 警告：对于轻微违规或首次违规的行为，可能会给予警告处分，以示惩戒。

2. 罚款：根据违规行为的性质和情节，可能会处以不同金额的罚款。例如，对于未取得道路客运经营许可擅自经营的行为，可能会没收违法所得，并处违法所得一定倍数的罚款；对于其他违规行为，也可能会根据具体情况处以相应金额的罚款。

3. 吊销许可证：对于情节严重或多次违规的行为，可能会吊销相关的道路运输经营许可证或相应的经营范围，以取消其经营资格。

4. 其他处罚：除了上述处罚措施外，还可能根据具体情况采取其他必要的处罚措施，如责令停止经营、责令改正等。

因此，要准确了解违反道路旅客运输及客运站管理规定第三十九条的具体处罚措施，您需要查阅相关的法规文件或咨询当地的道路运输管理机构。同时，我也建议您作为道路旅客运输的经营者或从业者，应严格遵守相关规定，确保运输市场的秩序和安全。