在排除近亲、双胞胎、嵌合体的情况下，亲子鉴定39个基因座三联体都符合，是可以认定亲子关系的。

亲子鉴定是通过对比被鉴定人的遗传物质（如DNA）来确定其亲缘关系的一种科学方法。在亲子鉴定中，通常会选择多个基因座进行检测，以提高鉴定的准确性。三联体是指父母与子女三人的遗传物质同时进行检测和对比。

在排除近亲、双胞胎、嵌合体等特殊情况后，如果亲子鉴定结果显示39个基因座三联体都符合，那么这意味着被鉴定人的遗传物质与父母双方的遗传物质在检测的基因座上均一致，从而可以高度确信地认定他们之间存在亲子关系。

当然，亲子鉴定的准确性还受到多种因素的影响，如检测技术的精度、样本的质量、实验操作的规范性等。因此，在进行亲子鉴定时，应选择正规的鉴定机构，并遵循科学、严谨的检测流程，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。

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