指定管辖的案件移送审查起诉是一个涉及多个司法机关、严谨且多环节的过程。以下是对这一过程详细且清晰的解析：

一、法律依据与前提

依据《人民检察院刑事诉讼规则》与《公安机关办理刑事案件程序规定》，指定管辖的案件在移送审查起诉时有明确的法律框架和操作指南。这通常发生在案件存在管辖权争议、犯罪跨地区或因其他特殊情况需要由上级司法机关指定管辖时。

二、指定管辖的决定

1. 决定作出：由上级人民法院或人民检察院根据案件的特殊情况，综合考虑案件性质、犯罪地、被告人居住地等因素，作出书面指定决定。
2. 决定送达：该决定需送达相关司法机关和当事人，确保各方对指定管辖的明确性和合法性无异议。

三、案件侦查终结后的准备

1. 整理卷宗材料：原侦查机关需全面整理案件证据材料、侦查过程记录等，确保材料的完整性和准确性。
2. 制作起诉意见书：详细阐述侦查结果，包括犯罪事实、证据情况、犯罪嫌疑人信息及涉嫌罪名，为移送审查起诉做好准备。

四、案件移送程序

1. 移送主体与方式：

   • 最初受理案件的公安机关或其他侦查机关通过正式公文形式，将案件全部材料（含证据材料、法律文书等）移送至被指定管辖的人民检察院。
   • 填写移送审查起诉意见书，明确移送案件的基本情况、侦查过程、证据情况及移送理由。

2. 接收与受理：

   • 被指定管辖的人民检察院及时审查移送材料，对符合要求的案件予以受理，并出具受理回执。
   • 如发现移送材料不符合要求，需通知移送机关补充或更正。

五、审查起诉阶段的工作

1. 案件审查：检察院指定专人对案件进行全面审查，包括犯罪事实、证据、罪名认定及法律适用等方面。
2. 补充侦查：如发现证据不足或需进一步查清事实，检察院可退回公安机关补充侦查或自行补充侦查。
3. 讯问与听取意见：讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见，确保各方权益得到保障。
4. 作出决定：根据审查结果，检察院依法作出起诉或不起诉决定。若认为犯罪事实清楚、证据确实充分，则提起公诉；否则，作出不起诉决定。

六、特殊情况处理

1. 管辖权争议：若出现管辖权争议，可根据相关法律法规报请上级人民法院指定管辖。
2. 并案处理：对于涉及多个犯罪地或犯罪嫌疑人的复杂案件，原侦查机关应与指定管辖的检察机关充分沟通，确保案件能够顺利移送和审查起诉。

七、额外注意事项

1. 特殊物品或证据的移送：涉及物证等特殊物品时，需确保保管链条完整，防止证据损毁或变质。
2. 沟通协调：移送前后，侦查机关与检察机关应进行充分的沟通协调，确保案件移送工作的顺利进行。同时，对于指定管辖的案件，监察机关在移送审查起诉前还需与检察院、法院协商指定管辖等事宜。

综上所述，指定管辖的案件移送审查起诉是一个复杂而细致的过程，要求各司法机关严格遵循法律规定，确保案件处理的公正性、准确性和高效性。同时，也需要注意特殊情况的处理和额外事项的关注，以确保整个过程的顺利进行。