住宿经营者违反《未成年保护法》的规定，将由市场监督管理、应急管理、公安等部门责令。具体来说：

根据《中华人民共和国未成年人保护法》第一百二十二条的规定，住宿经营者若违反该法第五十七条关于接待未成年人入住的相关规定，如未询问父母或者其他监护人的联系方式、入住人员的身份关系，或未及时报告违法犯罪嫌疑等，将由市场监督管理、应急管理、公安等部门按照职责分工责令限期改正，并给予警告。对于拒不改正或者造成严重后果的，这些部门还将责令停业整顿或者吊销营业执照、吊销相关许可证，并处以一万元以上十万元以下的罚款。

因此，住宿经营者必须严格遵守《未成年保护法》的相关规定，以确保未成年人的合法权益得到保护，并避免自身因违规行为而遭受法律制裁。