结论：下游企业被稽查局罚款后能否起诉，需分情况讨论，主要取决于罚款的合法性及下游企业是否具有合法诉权。以下从不同角度展开分析：

1. 若下游企业对罚款的合法性存疑，可提起行政诉讼
   根据《行政诉讼法》第二条，公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益，有权向法院提起诉讼。若稽查局对下游企业的罚款存在以下情形，下游企业可起诉：
   
   • 程序违法：如未依法送达处罚决定书、未告知陈述申辩权、未组织听证等；
     
   • 事实认定错误：如下游企业能证明自身对上游虚开发票不知情，且已尽到合理审查义务（如查验发票真实性、合同与资金流匹配等）；
     
   • 法律适用错误：如稽查局错误适用《税收征收管理法》第六十三条（偷税）而非第六十九条（善意取得虚开发票）进行处罚。
     

建议：下游企业需在收到处罚决定书之日起6个月内起诉，并提交证据证明自身无过错（如合同、付款凭证、上游企业虚开证明等）。

1. 若下游企业已构成“恶意取得虚开发票”，罚款合法，则起诉意义有限
   根据《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔1997〕134号），若下游企业明知或应知上游虚开仍接受发票，稽查局可依据《税收征收管理法》第六十三条按偷税处罚（追缴税款、滞纳金，并处0.5-5倍罚款）。此时：

   • 若罚款程序合法、事实清楚、适用法律正确，法院可能驳回起诉；
     
   • 但下游企业仍可尝试通过行政复议（需在收到处罚决定书60日内提出）争取减轻处罚，例如主张“情节轻微”或“配合调查”。

2. 下游企业可同步追究上游企业民事责任
   无论行政处罚结果如何，下游企业若因上游虚开发票遭受损失（如补缴税款、罚款、商业信誉受损），可依据《民法典》第1165条（过错责任原则）起诉上游企业要求赔偿。需证明：

   • 上游企业存在虚开发票的过错行为；
     
   • 下游企业实际遭受损失；
     
   • 损失与上游行为存在因果关系。
     

关键证据：税务机关对上游企业的处罚决定书、下游企业补税凭证、合同履行记录等。

总结建议：

• 优先核实罚款的合法性，若存在程序或实体瑕疵，及时提起行政诉讼；
  
• 若罚款合法，尝试通过行政复议争取减轻处罚；
  
• 同步准备民事诉讼材料，向上游企业追偿损失。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。