针对您提出的“合同诈骗后归还资金的案件怎么办理”这一问题，我将从刑事和民事两个法律角度，结合具体处理程序，为您进行详细解答。

一、刑事法律角度的处理

1. 立案与否的考量：

   • 若诈骗行为人在案件立案前主动归还了全部诈骗款项，且情节显著轻微、危害不大，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，公安机关可能不予立案。
   • 若诈骗行为已构成犯罪且达到追究刑事责任的标准，即便诈骗款项已被归还，也应依法追究其刑事责任。但归还行为会作为量刑时的酌定从轻情节，体现犯罪嫌疑人的认罪、悔罪态度。

2. 量刑的影响：

   • 依据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，退赃、退赔行为可减少基准刑的30%以下。在合同诈骗罪中，立案前积极归还钱款，法院会酌情从轻处罚，因为这表明犯罪嫌疑人的主观恶性较小，社会危害性降低。

3. 归还财物的性质与法律效力：

   • 归还财物是犯罪嫌疑人的一种积极补救措施，有助于减轻其刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。

4. 法律程序走向：

   • 处理此类案件时，法律程序可能走向不立案、撤销案件、不起诉或从轻、减轻处罚等方向，具体取决于退款行为、认罪态度、诈骗数额、社会危害程度及具体案情。

二、民事法律角度的处理

1. 减轻民事赔偿责任：

   • 合同诈骗不仅涉及刑事犯罪，也引发民事侵权或违约问题。立案前归还钱款减轻了被害人的经济损失，相应减少了民事诉讼中的赔偿范围。

2. 促进民事纠纷的解决：

   • 归还钱款有助于缓和双方矛盾，使得民事纠纷更易于通过协商、调解等方式解决，避免繁琐的诉讼程序，节省时间和精力成本。

三、具体处理程序

1. 司法机关追缴与责令退赔：

   • 司法机关在侦查、审查起诉和审判过程中，会依法对犯罪分子的违法所得进行追缴，如查封、扣押、冻结银行账户、不动产等。若追缴的财物不足以弥补被害人损失，司法机关将责令犯罪分子退赔剩余部分。

2. 刑事判决中的财产处理：

   • 法院在刑事判决中会明确判定犯罪分子应返还被害人的财物及金额，该判决具有强制执行力。在执行犯罪分子财产时，会优先保障被害人的合法权益。

3. 附带民事诉讼或单独提起民事诉讼：

   • 被害人可在刑事诉讼过程中提起附带民事诉讼，要求犯罪分子赔偿经济损失。若未在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，被害人也可在刑事判决生效后单独提起民事诉讼。

4. 分期偿还的可能性：

   • 若犯罪分子暂时没有偿还能力，可通过分期偿还的方式逐步还清债务，这既保护了受害人的权益，又给了犯罪分子一个逐步偿还债务的机会。

四、综合考量与建议

• 在处理合同诈骗后归还资金的案件时，应综合考虑退款行为、认罪态度、诈骗数额、社会危害程度及具体案情等多个因素。
• 建议犯罪嫌疑人或其家属积极与司法机关沟通，主动归还诈骗款项，并表达认罪、悔罪态度，以争取从轻或减轻处罚。
• 被害人也应及时向司法机关报案，并配合调查工作，以便尽快追回损失并维护自身合法权益。

综上所述，合同诈骗后归还资金的案件处理涉及刑事和民事多个层面，需要严格遵循法律法规，并结合具体案情进行综合判断。希望以上解答能对您有所帮助。