离婚协议超过三年诉讼期起诉是否有效，需根据具体纠纷类型来判断，不同情形下诉讼时效的适用规则不同。以下从不同角度为你详细分析：

一、普通财产分割纠纷的诉讼时效

1. 一般规定

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于离婚协议中关于财产分割的约定。如果一方不履行离婚协议中的财产分割条款，另一方有权在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内向法院提起诉讼，要求对方履行协议。
   • 举例：若离婚协议约定某方应在离婚后支付补偿款但未按期支付，另一方可在该方逾期未支付之日起三年内起诉要求其支付。若超过三年，对方可能以诉讼时效抗辩，法院可能不再保护你的请求权。

2. 诉讼时效的起算点

   • 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。例如，协议约定某房产归你所有，但对方一直未办理过户手续，你从知道对方未履行过户义务之日起三年内应提起诉讼。

3. 最长保护期限

   • 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。不过，这种情况较为特殊，一般财产分割纠纷较少涉及。

二、离婚后发现隐藏、转移等侵害夫妻共同财产行为的诉讼时效

1. 法律规定

   • 依据《中华人民共和国民法典》第一千零九十二条，夫妻一方在离婚过程中隐藏、转移、变卖、毁损、挥霍夫妻共同财产，或伪造债务企图侵占另一方财产的，另一方在发现上述行为后，有权在三年内向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。此处的诉讼时效同样从当事人发现之日起计算。
   • 举例：离婚后你发现对方在离婚前将一笔共同存款转移至他人名下，你从发现该行为之日起三年内可以起诉要求再次分割这部分财产。

2. 与普通财产分割纠纷诉讼时效的区别

   • 普通财产分割纠纷的诉讼时效一般从约定履行期限届满或应当履行之日起算，而发现隐藏、转移等侵害夫妻共同财产行为的诉讼时效从发现之日起算，这为受害方提供了更合理的维权时间。

三、请求撤销离婚协议中财产分割条款的诉讼时效

1. 一般规定

   • 对于因胁迫、欺诈或重大误解而请求撤销离婚协议中财产分割条款的情况，法律规定了特定的时间限制。当事人应当自知道或应当知道撤销事由之日起一年内（若为重大误解则为九十日内）行使撤销权，且自民事法律行为发生之日起五年内未行使的，撤销权消灭。这种情况下，不适用普通的三年诉讼时效规定。
   • 举例：你发现离婚协议是在对方的胁迫下签订的，财产分割明显不公平，你从知道胁迫事由之日起一年内可以向法院申请撤销该财产分割条款。

2. 撤销权行使的重要性

   • 撤销权的行使直接关系到离婚协议中财产分割条款的效力。如果超过法定时间未行使撤销权，该条款将继续有效，你将无法再以胁迫、欺诈或重大误解为由要求变更财产分割。

四、离婚协议中的其他特定情况

1. 协议离婚后反悔

   • 根据法律规定，协议离婚后一年内，如果一方对财产分割问题反悔并请求变更或撤销协议，需满足特定条件（如存在欺诈、胁迫等），并通过诉讼程序进行。这种情况下，诉讼时效为一年，从协议离婚之日起算。

2. 未处理财产的诉讼时机

   • 离婚协议中未处理的财产，若双方无法协商处理，可通过诉讼方式解决。此时不直接涉及诉讼时效问题，而是需根据具体情况确定诉讼的时机。例如，发现新的共同财产后，可随时向法院提起诉讼要求分割。

3. 子女抚养费用等义务的履行

   • 离婚协议中关于子女抚养、教育、医疗等费用的支付义务，若一方未按约定支付，另一方可在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼要求支付。这些义务的履行受相关法律关于诉讼时效的规定影响，一般也是三年诉讼时效，从知道或应当知道权利受损之日起计算。不过，子女抚养费请求权不适用诉讼时效的情况也存在，如子女尚未成年时，可随时主张抚养费。

总结与建议：离婚协议相关纠纷的诉讼时效问题较为复杂，不同类型的纠纷适用不同的法律规定和时间限制。在处理与离婚协议相关的事务时，建议你：

1. 及时关注自己的权利状态，一旦发现对方未履行协议义务或存在侵害共同财产等行为，尽快采取法律措施。
2. 保留好相关证据，如离婚协议、沟通记录、财产转移凭证等，以便在诉讼中证明自己的主张。
3. 如果对诉讼时效或其他法律问题存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。