医院科室承包在绝大多数情况下是不合法的，这一结论主要基于我国现行的医疗卫生管理法规。以下是对此问题的详细分析：

一、法律法规的明确规定

1. 《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》：

   • 该法第三十九条明确规定，医疗卫生机构不得对外出租、承包医疗科室。这是最直接的法律依据，界定了医院科室承包的非法性。

2. 《医疗机构管理条例》：

   • 该条例第二十二条及其实施细则也间接表明，科室承包行为不被允许。条例规定，《医疗机构执业许可证》不得伪造、涂改、出卖、转让、出借，这实际上限制了任何形式的科室承包或转租行为，因为科室承包往往涉及到《医疗机构执业许可证》的不当使用或变相转让。

二、科室承包的法律风险与后果

1. 医疗质量与安全风险：

   • 承包者可能因追求经济利益而忽视医疗质量和安全管理，导致医疗水平下降，患者权益受损。医院难以对承包科室进行全面有效的质量控制，违反了保障医疗质量和安全的法定义务。

2. 非法行医问题：

   • 承包科室的人员若不具备相应资质，或以不恰当名义开展医疗活动，将构成非法行医，严重威胁患者生命健康。

3. 经济违法风险：

   • 科室承包过程中可能存在商业贿赂等不正当经济往来，违反《反不正当竞争法》和《刑法》的相关规定。承包科室还可能存在乱收费、套取医保资金等违法行为，损害国家和患者的利益。

4. 法律后果：

   • 对于违反规定进行科室承包的医疗机构，县级以上人民政府卫生健康主管部门将责令改正，没收违法所得，并处以罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将依法给予处分。

三、特殊情况下的考量

虽然一般情况下医院科室承包是不合法的，但在某些特定情况下，如基于管理创新等合理目的进行的责任、利益分配机制调整，如果不违反法律法规的核心要求，并能够确保医疗质量和安全、保障患者权益、规范财务管理，则可能不构成违法。然而，这种情况需要严格界定和规范操作，且必须获得相关卫生健康主管部门的批准和监管，以确保不违反相关法律法规。

四、法律建议

1. 医疗机构：

   • 应严格遵守相关法律法规，确保医疗服务的公立性、公益性和质量。避免将科室承包给非本机构人员或其他机构，以维护医疗秩序和患者权益。

2. 承包方：

   • 应了解并遵守相关法律法规，避免参与非法科室承包活动。若有意与医疗机构合作，应寻求合法合规的合作方式，如科室共建等。

3. 监管部门：

   • 应加强对医疗行业的监管力度，打击非法承包行为。定期对医疗机构进行巡查和审计，确保其合规运营。

总结来说，医院科室承包在绝大多数情况下是不合法的，因为它违背了医疗卫生服务的公益性和质量保障原则，且相关法律法规明确禁止此类行为。医疗机构和承包方都应严格遵守相关法律法规，确保医疗服务的合法性和合规性。若您有任何关于医疗医患（事故责任及赔偿）的法律问题，欢迎直接向我咨询。