结论：三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据具体情况综合判断，包括协议内容、违约金合理性、实际损失及法律法规等因素。若违约金条款符合法律法规且双方自愿协商确定，通常认定为合法；但若违约金过分高于实际损失，违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少。
详细分析
法律依据与违约金上限
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这一条款为三方协议中违约金的合法性提供了法律基础。
- 虽无明确法律规定三方协议违约金的具体上限，但法律明确规定，若约定的违约金过分高于实际造成的损失，人民法院或仲裁机构可根据当事人的请求予以适当减少。通常，违约金的数额不得超过实际损失的30%，这是一个重要的参考标准。
协议约定的有效性
- 如果三方协议中明确约定了违约金的数额，且该约定是在双方自愿、平等的基础上达成的，不违反法律法规的强制性规定，那么从形式上看，该约定是有效的。
- 然而，即使协议中有明确约定，如果违约金数额明显过高，超出了因违约行为可能造成的损失，违约方在诉讼或仲裁过程中仍可以请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。
实际损失与公平原则
- 法院在判断违约金是否过高时，会综合考虑违约行为的性质、违约方的过错程度以及守约方的实际损失等因素。例如，若毕业生违约导致用人单位不得不重新招聘并因此多支出招聘成本，那么约定一定数额的违约金可能被认为合理。
- 违约金的约定应遵循公平原则，即违约金数额应与违约造成的损失相匹配，以弥补守约方的实际损失为原则。过高的违约金可能导致不公平的结果，影响毕业生的就业选择和权益。
特定情形下的违约金
- 在应届毕业生不履行三方协议的情况下，若违约金数额过高且无正当理由，可能被视为不合理。企业不履行协议时，同样适用此标准。
- 对于某些特定行业或领域，可能存在普遍认可的违约金标准。如果5000元以上的违约金在该行业内是常见且合理的，结合其他因素，这种约定也可能被认定为合法。但无论如何，都需遵循公平原则和诚实信用原则。
实例说明
假设某三方协议中约定，若毕业生违约，需支付违约金6000元。若该毕业生的违约行为导致用人单位实际损失为4000元（如招聘成本、培训费用等），那么6000元的违约金可能被视为过高。在此情况下，用人单位或毕业生均可请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。
建议
- 签订协议前：各方应仔细审查违约金条款，确保其符合法律法规的要求，并且数额合理、违约情形明确。如有疑问，可直接向我咨询，我会提供专业的法律意见。
- 面临纠纷时：若因违约金问题产生纠纷，建议及时收集相关证据（如协议文本、实际损失证明等），并直接向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律解决方案。
综上所述，三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据具体情况综合判断。在签订和履行三方协议时，各方应严格遵守相关法律法规，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。