结论前置：合同上约定了仲裁条款后，一般情况下当事人不能直接向法院起诉，但在特定法定情形下，如仲裁协议无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销等，当事人可以向法院提起诉讼。

一、仲裁协议的效力与排除法院管辖

1. 仲裁协议的自愿性与约束力：仲裁协议是双方当事人自愿达成的，约定将可能发生的争议提交给特定仲裁机构进行裁决。该协议一旦符合法定的有效要件，即对双方具有法律约束力。这意味着，双方应当遵守仲裁协议的约定，通过仲裁方式解决争议。

2. 排除法院管辖权：根据我国《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这明确了仲裁协议对法院管辖权的排除效力。因此，在合同中明确约定了仲裁条款的情况下，双方应当通过仲裁方式解决争议，而不能直接向法院提起诉讼。

二、不能直接向法院起诉的情形

1. 有效的仲裁协议：当合同中存在有效的仲裁协议时，双方应当遵守仲裁协议的约定，通过仲裁方式解决争议。此时，法院通常不会受理因履行合同而产生的纠纷诉讼。

2. 仲裁裁决的终局性：仲裁实行一裁终局的制度，即裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。这进一步强调了仲裁在解决合同纠纷中的排他性和终局性。

三、可以向法院起诉的例外情形

1. 仲裁协议无效：
   • 仲裁机构不明确或不存在；
   • 仲裁事项超出法律规定的仲裁范围，例如涉及婚姻、收养、监护、抚养、继承等纠纷；
   • 存在法定无效情形，如无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议，一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等。

在仲裁协议无效的情况下，当事人可以向法院提起诉讼，法院会依法受理。

1. 放弃仲裁协议：如果一方向法院起诉时，没有向法院声明双方存在仲裁协议，而另一方在首次开庭前也未对法院受理该案提出异议，那么这将被视为双方放弃了仲裁协议。此时，法院可以继续审理该案。

2. 仲裁裁决的撤销或不予执行：仲裁裁决作出后，并非终局。当事人如果认为仲裁裁决存在错误或违反法律规定等情况，可以向法院申请撤销或不予执行仲裁裁决。若法院裁定撤销或不予执行仲裁裁决，当事人可以就同一纠纷向人民法院提起诉讼。

四、实际操作建议

在处理涉及仲裁协议的纠纷时，当事人应首先审查仲裁协议的有效性。若仲裁协议有效，则应依约通过仲裁解决纠纷；若仲裁协议无效或存在其他特定情形，则可以考虑向法院提起诉讼。同时，建议当事人在签订合同时，务必谨慎对待仲裁条款的设定，明确约定仲裁机构、仲裁规则、仲裁地点等关键信息，以确保日后发生争议时能够顺利启动仲裁程序并得到有效解决。

总结：合同上约定了仲裁条款后，双方应遵守仲裁协议的约定，通过仲裁方式解决争议。但在特定法定情形下，如仲裁协议无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销等，当事人仍有向法院提起诉讼的权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。