在处理机动车与机动车之间发生交通事故，且双方分别承担主次责任的情况下的赔偿问题时，我们需要遵循一系列明确的步骤和规则。以下是对此问题的详细解答：

一、明确事故主体与责任比例

首先，要明确的是，当两辆机动车发生交通事故，并确定主次责任后，赔偿责任的划分将主要依据双方的责任比例。一般来说，主要责任方可能承担70%（这个比例可能根据具体情况在60%-90%之间调整），而次要责任方则承担30%（这个比例可能调整为10%-40%）。但具体的责任比例还需根据事故的具体情况、交通法规以及相关证据来综合确定。

二、交强险的先行赔付

在赔偿过程中，交强险（机动车交通事故责任强制保险）将首先进行赔付。交强险对被保险机动车发生道路交通事故造成的受害人（不包括本车人员和被保险人）的人身伤亡、财产损失，在责任限额内予以赔偿。责任限额包括：

• 死亡伤残赔偿限额：18万元
• 医疗费用赔偿限额：1.8万元
• 财产损失赔偿限额：0.2万元

若机动车一方无责任，则赔偿限额相应降低。交强险的赔付是不考虑事故责任比例的，即无论责任如何划分，交强险都会在其责任限额内进行赔付。

三、超出交强险部分的赔偿

当交强险的赔付不足以覆盖全部损失时，超出部分将由双方按照责任比例进行分担。例如，如果主要责任方承担70%的责任，那么它将需要承担超出交强险赔付部分70%的损失；同理，次要责任方将承担剩余的30%。

四、商业三者险的补充赔付

如果事故车辆还投保了商业三者险（第三者责任险），那么超出交强险赔付部分且应由事故责任方承担的损失，可以由商业三者险根据保险合同约定进行补充赔付。商业三者险的赔付金额将按照责任比例计算，并受到保险合同约定的赔付限额的限制。

五、个人赔偿部分

在交强险和商业三者险的赔付总额仍不足以弥补受害人全部损失的情况下，剩余部分将由事故责任方按照责任比例用个人财产进行赔偿。

六、赔偿项目与计算

赔偿项目包括但不限于医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费等。若造成残疾或死亡，还需赔偿辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金等。各项赔偿项目的计算需依据相应标准和证据，如医疗费需根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明等相关证据确定。

七、实际操作建议

1. 及时报警并保护现场：以便后续勘查和责任认定。
2. 收集证据：包括证人证言、现场照片、视频资料等，为赔偿计算提供依据。
3. 联系保险公司：及时报案并了解保险赔付流程和所需材料。
4. 寻求专业帮助：如果事故情况复杂或赔偿金额较大，建议联系专业律师或相关机构进行咨询和处理，以确保自身权益得到妥善维护。

综上所述，机动车与机动车之间发生交通事故且双方分别承担主次责任时的赔偿问题，需要综合考虑事故责任比例、交强险赔付、商业三者险赔付以及个人赔偿部分等多个因素。通过遵循明确的步骤和规则进行处理，可以确保赔偿的公平性和合理性。