补偿金不合理但已签字，仍然有可能通过仲裁寻求合理调整，但具体能否成功取决于协议签订时的具体情况及后续的法律操作。以下是对此问题的详细分析：

一、可以申请仲裁的情形

1. 存在可撤销情形：

   • 重大误解：若签署协议时对关键内容（如补偿金的计算方式、项目等）有重大误解，导致补偿不合理，可根据《中华人民共和国民法典》的相关规定申请撤销协议，并重新确定补偿。例如，若你误以为补偿金包含了所有应得项目，而实际上并未包含，这可能构成重大误解。
   • 显失公平：如果协议内容明显偏向一方，使得双方权利义务严重失衡，处于不利地位的一方有权申请仲裁。比如，补偿金数额远低于行业平均水平或你的实际损失。
   • 欺诈、胁迫或乘人之危：在签署过程中，若一方受到另一方的欺诈、胁迫，或另一方利用对方的困境迫使签约，受损害方有权撤销协议并申请仲裁。例如，若你因急需资金而被迫接受不合理的补偿条件。

2. 协议内容违法：

   • 如果补偿协议违反了法律法规的强制性规定，如低于最低工资标准、未依法缴纳社会保险等，该协议无效，当事人可就争议事项向仲裁机构申请仲裁。

3. 协议履行过程中的违约：

   • 若协议签订后，一方违反约定，如未按时支付补偿金，另一方可根据协议中的仲裁条款（如有）提起仲裁，要求对方履行或承担违约责任。

二、可能面临的不利因素

1. 协议的法律效力：

   • 如果协议是双方真实意思表示，内容合法且不存在上述可撤销情形，那么协议具有法律效力。此时，仲裁机构可能会认定双方应依约履行，驳回调整补偿金的请求。

2. 举证困难：

   • 要证明协议存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫或乘人之危等情形，需提供充分证据。证据不足时，仲裁机构可能无法支持重新确定补偿金的请求。因此，在签署协议前，务必保留好所有相关证据，如沟通记录、邮件、短信等。

3. 放弃仲裁权利：

   • 如果协议中明确约定了双方放弃仲裁解决争议的权利，且该约定合法有效，则当事人可能无法再就补偿金问题申请仲裁。因此，在签署协议前，务必仔细阅读协议条款，特别是关于争议解决方式的约定。

三、建议与操作指南

1. 仔细审查协议条款：

   • 在签订补偿协议前，务必详读并理解所有条款，特别是关于补偿金数额和支付方式的约定。如有疑问，及时向对方提出并寻求解答。

2. 及时行使撤销权：

   • 发现协议存在可撤销情形时，应在知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使撤销权。逾期未行使的，撤销权消灭。

3. 积极收集证据：

   • 为支持仲裁请求，应积极收集并保存所有相关证据，包括书面文件、通信记录、证人证言等。这些证据将有助于证明你的主张并增加胜诉的可能性。

4. 寻求法律帮助：

   • 面对复杂的法律问题，建议你直接向我咨询以获取准确的法律意见和指导。作为专业律师，我将根据你的具体情况为你提供量身定制的法律解决方案。

综上所述，补偿金不合理但已签字是否能仲裁取决于多种因素的综合考量。在处理此类问题时，建议你保持冷静、仔细分析协议条款、积极收集证据，并在必要时寻求我的法律帮助。