公司发现金工资是合法的，但需满足一系列条件以确保其合法性和合规性。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
法律合规性
《中华人民共和国劳动法》第五十条：该条款明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“货币形式”明确包含了现金，因此公司使用现金发放工资完全符合法律规定。
《工资支付暂行规定》第五条：此条款进一步强调，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。现金作为法定货币的一种，用于支付工资同样不违反任何法律规定。
实际操作与规范
支付方式选择：公司可根据自身运营情况和员工实际需求，灵活选择现金或银行转账等支付方式。无论采用何种方式，都应确保工资按时、足额支付给劳动者。
支付安全：在采用现金支付时，公司应特别注意支付安全，防止现金丢失或被盗，确保资金安全到达劳动者手中。例如，可以安排专人负责现金的保管和发放，并在发放时要求劳动者签字确认。
记录保存：公司必须详细记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名及签字，并妥善保存这些记录至少两年以上。这是为了备未来可能的查询或审计，也是证明公司已按时足额支付工资的重要依据。
工资清单提供：每次支付工资时，公司应向劳动者提供一份清晰的个人工资清单，明确列出各项收入及扣款情况。这有助于劳动者了解自己的工资构成，也是公司透明化管理的一种体现。
税务与合规要求
个人所得税缴纳：即使工资以现金形式发放，如果工资额超过个人所得税起征点（目前为5000元），劳动者仍需依法缴纳个人所得税。公司作为扣缴义务人，有义务代扣代缴这部分税款，并按时向税务机关申报缴纳。
避免逃税漏税：公司应严格遵守税法规定，不得利用现金支付方式进行不规范操作，如逃避代扣代缴个人所得税等违法行为。一旦查实，公司和责任人将面临税务处罚，甚至可能涉及刑事责任。
风险与应对
举证困难：相比银行转账等有记录的支付方式，现金发放可能在证明工资发放情况、确定工资数额时面临举证困难。因此，公司应建立健全的工资支付制度，通过工资条、考勤记录等其他证据材料来辅助证明工资支付情况。
劳动纠纷处理：在涉及劳动纠纷（如讨要工资、确认经济补偿基数等）时，公司应积极配合调查，提供必要的证据材料。如果公司无法提供充分的证据证明已按时足额支付工资，可能会面临不利的法律后果。
特殊情况处理
如果公司因特殊原因需以现金形式支付工资（如员工无银行账户、紧急支付等），应确保有充分的理由和合理的解释，并尽可能保留相关证据和记录。例如，可以要求员工提供无银行账户的证明或紧急支付的申请等。
在任何情况下，公司都不应以逃避税务、规避劳动法规等非法目的为前提来选择支付方式。否则，一旦查实，公司将面临严重的法律后果。
总结与建议：公司发现金工资本身并不违法，但需严格遵守相关法律法规和税务要求，确保工资的合法性和合规性。同时，公司也应关注现金支付可能带来的风险和问题，并采取有效措施加以应对和防范。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。