私企员工贪污6000元，企业可依据内部规章制度和法律规定采取以下措施：

1. 内部处理
   根据《劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位规章制度的，企业可单方解除劳动合同。若公司《员工手册》或规章制度中明确将“贪污、挪用资金”列为严重违纪行为（需经民主程序制定并公示），企业可：

   • 立即解除劳动合同，无需支付经济补偿；
     
   • 要求员工退还贪污款项；
     
   • 保留书面证据（如监控录像、财务记录、员工签字确认的违纪事实等）。
     

2. 刑事追责
   根据《刑法》第二百七十一条，职务侵占罪的立案标准为“数额较大”（通常为6万元以上，但部分地区可能更低）。若6000元未达当地刑事立案标准，企业仍可：

   • 向公安机关报案，由公安机关调查是否构成其他犯罪（如盗窃罪、诈骗罪）；
     
   • 若员工存在多次贪污或累计金额达刑事标准，可补充证据后再次报案。
     

3. 民事索赔
   企业可依据《民法典》第一百二十二条，以“不当得利”为由向法院起诉，要求员工返还6000元及利息。需准备证据：

   • 员工贪污的财务凭证（如转账记录、报销单据）；
     
   • 员工承认贪污的书面或录音证据。
     

建议行动步骤：

1. 立即固定证据（如封存财务记录、调取监控）；
   
2. 依据内部制度处理（如解除合同、要求退赔）；
   
3. 咨询律师评估是否达到刑事立案标准或民事起诉可行性；
   
4. 若涉及金额较大或情节复杂，可同步向公安机关报案。
   

注意事项：

• 处理过程中避免侵犯员工隐私（如非法搜查、扣押物品）；
  
• 若员工否认贪污，需通过合法程序调查（如委托审计、要求员工配合说明）；
  
• 地方性法规可能对职务侵占的立案标准有差异，需以当地规定为准。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。