针对您提出的“二次入职的员工是否有试用期”这一问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条第二款的规定：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这一条款是明确且具有法律效力的，它规定了同一用人单位与同一劳动者在劳动关系存续期间，只能有一次试用期的约定。

接下来，我们分析您提到的具体情况：员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位，且两个岗位的职责和层级完全不同。尽管岗位发生了变化，但根据《劳动合同法》的上述规定，同一用人单位与同一劳动者仍然只能约定一次试用期。这意味着，无论员工再次入职的是哪个岗位，只要他之前已经与该用人单位约定过试用期，那么再次入职时就不能再约定试用期了。

此外，您提到的《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和《关于中华人民共和国劳动法若干条文的说明》中，虽然有关于不同岗位可重新约定试用期的表述，但这些内容与《劳动合同法》的规定不一致。在这种情况下，我们应当遵循法律效力更高的《劳动合同法》来执行。

综上所述，对于二次入职的员工，无论其再次入职的岗位是否发生变化，同一用人单位与同一劳动者都只能约定一次试用期。这是由《中华人民共和国劳动合同法》明确规定的，具有法律效力。因此，公司在该员工第二次招聘入职B岗位后，是不能再约定试用期的。

希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律法规，并在实际工作中正确应用。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。