职务侵占罪主要由公安机关负责立案侦查，具体分析如下：
一、一般情况下的立案机关
公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）：
- 职务侵占罪作为刑事案件，其侦查工作由公安机关负责，具体由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）进行立案侦查。当公司、企业等单位发现员工存在职务侵占行为，并掌握了足够的证据（如合同、账目记录、聊天记录等）证明犯罪事实达到立案标准时，可直接向犯罪行为发生地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关报案。
立案条件：
- 公安机关在接到报案后，会对提交的材料进行审查。若认为有犯罪事实需要追究刑事责任，将会予以立案侦查。立案的条件包括存在犯罪事实、需要追究刑事责任以及符合管辖规定。
二、特殊情况下的立案机关
贪污罪的处理：
- 对于国有公司、企业或其他国有单位中从事公务的人员，以及由这些单位委派到非国有单位从事公务的人员，若他们实施职务侵占行为，则可能按照贪污罪处理。此时，应向监察机关（如人民检察院）举报，而非公安机关。这是因为这些人员具有特殊的身份和职责，其犯罪行为可能涉及国家利益和公共利益，需要由专门的监察机关进行调查和处理。
自诉途径：
- 在特定情况下，如监管部门不受理报案，或者认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任而不予立案的，受害人或相关单位可以考虑通过自诉途径直接向人民法院提起刑事诉讼。但这种情况相对较少，且需要满足一定的条件。
三、立案后的处理流程
审查与立案：
- 公安机关在接到报案后，会对提交的材料进行审查。若认为有犯罪事实需要追究刑事责任，将会予以立案侦查。立案后，公安机关将启动侦查程序，收集证据，查明犯罪事实。
抓捕归案与侦查取证：
- 若犯罪嫌疑人逃匿，公安机关在立案后将采取相应措施进行抓捕归案。在侦查过程中，公安机关会依法收集、调取各种证据材料，包括物证、书证、证人证言、被害人陈述、嫌疑人供述和辩解等。这些证据将用于后续的起诉和审判工作。
四、注意事项与建议
收集证据：
- 在报案前，公司应尽可能收集全面、客观的证据材料，以证明犯罪事实的存在和犯罪嫌疑人的身份。这些证据材料应尽可能详细、准确，以便公安机关能够迅速立案侦查。
选择正确的报案途径：
- 对于不同性质的单位（如国有与非国有）和人员（如公务人员与非公务人员），其职务侵占行为的法律性质和立案机关可能有所不同。因此，在报案前，应了解相关法律法规和程序要求，选择正确的报案途径。
寻求专业法律帮助：
- 职务侵占罪的立案与处理是一个涉及多个法律环节和机关的复杂过程。因此，建议公司在面对此类问题时，寻求专业法律顾问的帮助，以便更好地维护自身权益和追究犯罪者的法律责任。
作为马吉刚律师，我专注于劳动纠纷、经济犯罪领域，如果你在职务侵占罪或其他相关法律问题上还有疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。