核心结论：借调超过三年，可能涉及借调合同效力、劳动关系归属及权益保障等问题，需根据具体情况采取不同措施。以下是详细分析：
借调合同的法律效力与期限
借调关系通常基于三方协议（原单位、借调单位、员工）或双方协议（原单位与借调单位）确立。若合同中明确约定了借调期限（如三年），期限届满后，借调关系原则上应终止。
- 若合同未续签：借调单位继续使用员工可能构成事实劳动关系，原单位与借调单位可能需承担连带责任（如未签劳动合同的双倍工资、社保缴纳等）。
- 若合同约定自动延续：需审查条款是否合法（如是否违反《劳动合同法》关于试用期、固定期限合同最长年限的规定），若违法则条款无效，借调关系应回归法定处理规则。
劳动关系的归属与权益保障
借调期间，员工劳动关系仍属于原单位，但实际用工管理由借调单位负责。若借调超期：
- 员工权益受损时（如未发工资、未缴社保）：可同时要求原单位和借调单位承担责任，但需证明损害与借调关系存在因果联系。
- 借调单位拒绝返还原单位：原单位可依据《劳动合同法》第34条（用人单位合并、分立等情况下的劳动合同履行）或借调协议约定，要求借调单位返还员工；若借调单位拒不配合，原单位可解除劳动合同并主张赔偿。
- 员工不愿返回原单位：需与原单位协商解除劳动合同，或通过借调单位与原单位达成新的用工协议（如转正、调岗等），否则可能面临原单位以“旷工”为由解除合同的风险。
借调超期的风险防范建议
- 对员工：
- 定期与原单位、借调单位确认借调期限及后续安排，保留书面沟通记录（如邮件、微信）。
- 若借调单位或原单位存在违法行为（如拖欠工资、未缴社保），及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对原单位：
- 在借调协议中明确期限、终止条件及违约责任（如超期未返还的赔偿标准）。
- 定期跟进借调情况，期限届满前书面通知借调单位返还员工或续签协议。
- 对借调单位：
- 避免长期“借用”员工，若需长期用工，应与原单位协商转正或通过劳务派遣、外包等合法方式解决。
- 借调期间依法为员工缴纳社保、发放工资，避免因用工不规范引发纠纷。
总结：借调超期需根据合同约定、实际用工情况及各方意愿综合处理。若您或您所在单位涉及此类问题，可进一步提供借调协议、沟通记录等材料，我将为您制定具体解决方案。