关于“5万保证金不交3天退店是否会退”的问题，结论需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定时
   若您与商家签订的合同中明确约定了“保证金未缴纳时，退店保证金的处理方式”（例如“未缴纳保证金则自动视为放弃退店，保证金不予退还”或“未缴纳保证金不影响退店，但需在X日内补交”），则需严格按合同条款执行。
   法律依据：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。若合同条款不违反法律强制性规定（如未设置“霸王条款”），则双方需按约定履行。

2. 合同无明确约定时
   若合同未对“未缴纳保证金时的退店规则”作出约定，则需结合以下角度分析：

   • 保证金性质：若保证金属于“履约保证金”（即确保您履行合同义务，如按时经营、不违规等），且您未实际缴纳，商家可能主张您未履行合同前序义务，从而拒绝退店或要求赔偿损失。但若您已实际经营且无违约行为，商家仅以“未缴纳保证金”为由拒绝退店，可能缺乏法律依据。
     
   • 实际履行情况：若您已按合同约定完成退店流程（如提交退店申请、清理货物、归还设备等），但未缴纳保证金，商家可能以“未完成全部义务”为由暂扣退款。此时需结合合同目的判断：若保证金与退店流程无直接关联（如保证金是“入驻保证金”而非“退店保证金”），则商家无权以此为由拒绝退款。
     
   • 公平原则：根据《民法典》第六条，民事主体从事民事活动应当遵循公平原则。若商家因您未缴纳保证金而获得额外利益（如扣留保证金且无需承担任何风险），可能被认定为显失公平，您可主张调整或撤销相关条款。

3. 商家拒绝退款的应对建议

   • 协商解决：首先与商家沟通，明确拒绝退款的具体理由，并要求其提供合同依据或法律依据。若商家无法提供合理依据，可要求其书面说明拒绝退款的原因。
     
   • 投诉或诉讼：若协商无果，可向当地消费者协会投诉（若涉及消费者权益），或直接向法院起诉。起诉时需提供合同、退店申请记录、沟通记录等证据，证明您已履行主要义务且商家拒绝退款无合法依据。
     注意：诉讼时效为3年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

总结：保证金是否退还，关键在于合同约定及实际履行情况。若合同无明确约定，需结合保证金性质、实际履行情况及公平原则综合判断。建议您先与商家协商，若无法解决，可进一步向我咨询具体证据收集及诉讼策略。