水库承包50年是否合法需分情况讨论，核心取决于承包合同签订时的法律规定及水库用途性质。具体分析如下：

1. 若承包合同签订于《民法典》生效前（2021年1月1日前）
   根据原《合同法》及《农村土地承包法》（2003年施行）规定，土地承包期限由当事人协商确定，但需符合“不得超过法定期限”的隐性要求。例如：

   • 耕地承包期一般30年，草地30-50年，林地30-70年（《农村土地承包法》第21条）；
     
   • 若水库属于“四荒地”（荒山、荒沟、荒丘、荒滩），承包期可更长，但需经法定程序（如村民会议表决、乡镇政府批准）。
     结论：若50年承包期未超过当时法律对水库所属土地类型的最长期限，且程序合法，则合同有效；反之则部分无效（超出期限部分无效）。

2. 若承包合同签订于《民法典》生效后（2021年1月1日后）
   根据《民法典》第705条，租赁期限不得超过20年；超过部分无效。若水库承包被认定为租赁关系（如仅使用水面及周边土地），则50年期限明显违法，合同自始无效（仅前20年有效）。
   例外情形：若承包合同包含“续期条款”（如20年后自动续期），需结合具体条款判断是否构成“变相突破期限限制”，可能被认定为无效。

3. 水库用途的特殊性影响

   • 若水库属于水利设施（如防洪、灌溉、供水），其承包可能受《水法》《防洪法》等限制，需经水行政主管部门批准，且期限通常较短（如5-10年）；
     
   • 若水库属于集体所有的一般水域，则适用土地承包或租赁的一般规则。
     结论：用途性质直接影响合同效力，需结合具体审批文件判断。

实务建议：

• 核查合同签订时间及当时生效的法律；
  
• 确认水库用途及是否履行法定审批程序；
  
• 若期限违法，可与发包方协商修改合同或主张部分无效；
  
• 涉及集体资产的水库承包，需确保程序公开透明（如经村民会议三分之二以上成员同意）。
  

如有具体合同或审批文件，可进一步分析风险点。